北京市疾病預防控制中心是根據國家衛生防病機構改革精神，在北京市衛生防疫站、北京市勞動衛生與職業病防治研究所、北京市健康教育所、北京市性病防治所的基礎上，于2000年6月正式組建成立的市級衛生事業單位。承擔全市傳染病、慢性非傳染病疾病預防與控制，學生常見病防治，消毒及病媒生物防制，食品、化妝品、涉水產品、一次性衛生用品等與百姓健康密切相關的生活用品的衛生學檢測評價及衛生毒理學測試，勞動衛生和職業病防治，射線防護，從業人員健康體檢、建設項目預防性衛生學評價等預防醫學領域各項工作以及國內外重大活動的公共衛生保障工作。目前，中心已成為北京市疾病預防控制、檢測檢驗、預防醫學科研與教學、衛生技術培訓、衛生宣傳、健康教育等綜合性專業機構。